یافته‌های دوره‌ی دکترا

گردآوری نکته‌هایی در زمینه‌ی زیست‌شناسی (تکاملی)

بایگانی برچسب‌ها: همتراز کردن

برنامه‌هایی برای هم‌‍تراز کردن (alignment) توالی دی‌ان‌ای یا پروتین

در بخشی از کار خود نیاز داشتم که ژن‌های انسان و موش را هم‌تراز کنم. نخست به سراغ برنامه‌های پرآوازه‌ای چون clustlw و muscle رفتم (برنامه‌ی muscle نتیجه‌ی بسیار بهتری می‌دهد). ولی این برنامه‌ها حافظه‌ی کامپیوتر را پر می‎کنند و توانایی همتراز کردن توالی‌هایی بلندتر از 100kb ندارند. از این رو به دنبال برنامه‌هایی گشتم که برای همتراز کردن ژنونم‌ها به کار می‌روند. ویکیپدیای انگلیسی لیست گسترده‌ای از همه‌ی این برنامه‌های همترازکننده دارد.

http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_sequence_alignment_software

Advertisements