یافته‌های دوره‌ی دکترا

گردآوری نکته‌هایی در زمینه‌ی زیست‌شناسی (تکاملی)

بایگانی برچسب‌ها: مقاله

یافتن همه‌ی مقاله‌های مربوط به یک بخش از ژنوم انسان

من به تازگی نیاز داشتم که همه‌ی مقاله‌هایی که درباره‌ی چند ژن ویژه بود را بخوانم و بررسی کنم. تنها جستجوی همه‌ی مقاله‌هایی که درباره‌ی یک ژن کامل یا بخشی از آن یا یک SNP روی آن باشد بسیار دشوار است. زیرا به روش‌های گوناگونی می‌توان به بخشی از DNA اشاره کرد. مانند نام بردن خود ژن (برای نمونه TP53)  یا باند سیتوژنیک (مانند 17p13.1) یا آیدی‌های دیگر دیتابیس‌ها مانند ENST00000269305 یا آیدی SNP در آن منطقه مانند rs2909430.

UCSC Genome Browser یک ترک دارد که همه‌ی مقاله‌های مربوط به یک بخش یا همه‌ی ژنوم را نشان می‌دهد.  برای انجام این کار بسنده است که به بخش Genome Browser رفته سپس نام ژن مورد نظر خود را بنویسید و جستجو را بزنید. در برگه‌ی نتیجه‌ها، به بخش Phenotype and Literature بروید و ترک Publications را از منوی باز شونده روی full بگذارید. اکنون دکمه رفرش را بزنید تا تغییرها انجام شود.

در تصویر زیر نمونه‌ای از مقاله‌هایی که من برای ژن MUC4 پیدا کردم را می‌بینید.

Screenshot (57)

Advertisements

پیشنهاد‌هایی برای کسانی که در پژوهش خود نیاز به کدنویسی دارند

بیشتر زیست‌شناسانی که کدنویسی میکنند خودشان برنامه‌نویسی را آموخته اند و آموزش اصولی ندیده‌اند. در کدنویسی، برخی نکته‌ها هست که به خوانا شدن و بازبکارگیری کد کمک می‌کند – و برای بسیاری نیز این نکته‌ها آشنا هستند – ولی در این مقاله که به رایگان نیز در دسترس است، فهرستی کامل‌تر و نکته‌هایی غیرمنتظره‌تر را می‌توان پیدا کرد.

بهتر است پیش از ادامه‌ی کدنویسی، چند دقیقه را به خواندن این مقاله بگذرانید.

لینک فایل پی‌دی‌اف مقاله.

چگونه در رشته پژوهشی خود به روز بمانیم؟

آگاه بودن از نتیجه ی پژوهش های جدید، شرطی بنیادی برای بافتن بهترین و موثرترین ایده های پژوهشی است. با حجم گسترده ای از داده ها که هر روز چاپ میشوند، به روز ماندن دشوار شده است. ولی هنوز راههایی هست تا خود را به آسانی با چکیده ی آنچه که هر روز به چاپ میرسد و ایده های نو همگام کنیم.

یکی از بهترین روش ها برای این منظور، بهره بردن از خبرخوان ها است، چرا که دیگر نیازی نیست تا یک به یک به همه ی سایت و وبلاگ ها سر بزنیم و لیستی از آنها را نگه داریم تا ببینیم کدامیک نوشته ای نو گذاشته اند. من خود از خبرخوان گوگل استفاده میکنم، چرا که هم میتوان از آن بر روی مرورگر اینترنت بهره برد و هم ابزارهای گوناگونی هست که میتوانند از کامپیوتر یا موبایل به خبرخوان گوگل وصل شوند.

منابعی که من خود استفاده میکنم، لیست مقاله های جدید مجله های علمی است – که خود آنها این لیست ها را به شکل خبرخوان آماده کرده اند- و نیز وبلاگ های علمی گوناگون. لیست زیر بخشی منابع من در زمینه ی زیست شناسی / زیست شناسی تکاملی است.

  ادامهٔ این نوشته را بخوانید

پایه‌های مقاله نویسی – زبان انگلیسی-

 روشن و گیرا نوشتن یک مقاله می‌تواند به اندازه‌ی خود کار علمی انجام شده در پذیرش مقاله و خوانده شدنش اثرگذار باشد. همان اندازه که خوب مقاله نوشتن می‌تواند اهمیت دارد، یادگیری آن نیز می‌تواند در دسترس باشد. از آنجا که زبان علمی بسیار استاندارد و ساده است، پیروی از یک رشته از اصول دست کم به شیوایی مقاله کمک شایانی می‌کند. این موضوع به ویژه برای کسانی که زبان نخستشان انگلیسی  نیست پرارزش است. در این نوشتار- و بخش‌هایی که در پی خواهد آمد-، این پایه‌های کلی مقاله نویسی، ترتیب آنچه باید در هر بخش از مقاله گفته شود، و نکته‌هایی در کاربرد زبان را بازگو خواهم کرد. با پیروی گام به گام از طرحی که در اینجا می آید، می‌توان فرآیند نوشتن مقاله را ساده تر کرد.

چگونه یک مقاله‌ی پژوهشی را بخوانیم؟

این نوشته بر خلاف نوشته‌ی قبلی، درباره‌ی خواندن یک مقاله‌ی پژوهشی به شکلی کامل است. هدف از خواندن یک مقاله‌ی پژوهشی این است که آنچه را که نویسنده به علم افزوده‌اند درک کنیم. این کار ساده‌ای نیست و ممکن است نیازمند مرور چندین باره‌ی مقاله باشد. پس انتظار داشته باشید که حتی چندین ساعت سر یک مقاله بگذرانید. نکته‌های زیر چند راهنما آغازی درباره‌ی چگونه خواندن یک مقاله هستند: ۱) انتقادی بخوانید. خواندن یک مقاله‌ی پژوهشی باید فرایندی نقادانه باشد. نباید فرض کرد که هر چه که نویسنده‌ها گفته‌اند درست است. به جای آن، مشکوک باشید. خواندن نقادانه برابر است با پرسیدن پرسش‌های مناسب. اگر نویسنده‌ها در تلاشند که به پرسشی پاسخ دهند، آیا در این کار پیروزمند بوده‌اند؟ آیا راه حل‌های ساده‌ای هست که نویسنده‌ها ندیده باشند؟ محدودیت‌های راه حلی که در پیش گرفته اند چیست؟ (از آن میان، آنها که نویسنده‌ها ندیده‌اند یا آنها را بیان نکرده‌اند). آیا فرض‌هایی که نویسنده‌ها برگزیده‌اند درست است؟ آیا منطق مقاله روشن و درست است یا در استدلال کردن‌شان کمبودی هست؟ اگر نویسنده‌ها داده‌ای گردآوری کرده‌اند، آیا به شیوه‌ی درستی این داده‌ها گردآوری شده است؟ آیا داده‌ها درست تفسیر شده اند؟ آیا داده‌های دیگری بهتر می‌بود؟ ۲) خلاقانه بخوانید. خواندن نقادانه‌ی یک مقاله به نسبت کار ساده ای است، چرا که از هم پاشاندن چیزی ساده‌تر از ساختنش است. خلاقانه خواندن نیازمند اندیشه‌ی بیشتر و مثبت‌تری است. ایده‌های خوب این مقاله چه هستند؟ آیا این ایده‌ها کاربردهای دیگری دارند که نویسنده‌ها ممکن است به ذهن شان نرسیده باشد؟ آیا می‌توان آنها را بیشتر تعمیم داد؟ آیا بهبودی می‌توان ایجاد کرد که نتیجه‌های عملی پژوهش را بسیار بهتر کند؟ اگر قرار بود شما پژوهش‌تان را بر پایه ی این مقاله می‌گذاشتید، کار بعدی که می‌کردید چه می‌بود؟ ۳) در هنگام خواندن مقاله یادداشت بردارید.