یافته‌های دوره‌ی دکترا

گردآوری نکته‌هایی در زمینه‌ی زیست‌شناسی (تکاملی)

بایگانی برچسب‌ها: آشنا‌سازی

یافتن همه‌ی مقاله‌های مربوط به یک بخش از ژنوم انسان

من به تازگی نیاز داشتم که همه‌ی مقاله‌هایی که درباره‌ی چند ژن ویژه بود را بخوانم و بررسی کنم. تنها جستجوی همه‌ی مقاله‌هایی که درباره‌ی یک ژن کامل یا بخشی از آن یا یک SNP روی آن باشد بسیار دشوار است. زیرا به روش‌های گوناگونی می‌توان به بخشی از DNA اشاره کرد. مانند نام بردن خود ژن (برای نمونه TP53)  یا باند سیتوژنیک (مانند 17p13.1) یا آیدی‌های دیگر دیتابیس‌ها مانند ENST00000269305 یا آیدی SNP در آن منطقه مانند rs2909430.

UCSC Genome Browser یک ترک دارد که همه‌ی مقاله‌های مربوط به یک بخش یا همه‌ی ژنوم را نشان می‌دهد.  برای انجام این کار بسنده است که به بخش Genome Browser رفته سپس نام ژن مورد نظر خود را بنویسید و جستجو را بزنید. در برگه‌ی نتیجه‌ها، به بخش Phenotype and Literature بروید و ترک Publications را از منوی باز شونده روی full بگذارید. اکنون دکمه رفرش را بزنید تا تغییرها انجام شود.

در تصویر زیر نمونه‌ای از مقاله‌هایی که من برای ژن MUC4 پیدا کردم را می‌بینید.

Screenshot (57)

Advertisements

پایگاه داده ای جدید برای بیان ژن

IST online سایتی بسیار جدید است که پرشمارترین میزان داده‌ها درباره‌ی بیان هر یک از ژن های انسان در بافت ها و سلول های گوناگون سرطانی و سالم را به رایگان نمایش می‌دهد. افزون بر آنِ‌‌، نمودارهای بسیاری را می‌توان از به وسیله‌ی خود این سایت کشید.

فیلوژنی ژن‌ها–پایگاه داده

PhylomeDB یک پایگاه داده کامل از رابطه‌ی فیلوژنی میان ژن‌ها است. کافیست نام ژن مورد نظر خود را جستجو کنید تا درخت فیلوژنی آن و رابطه اش با دیگر ژن‌ها را پیدا کنید. افزون بر آن، می‌توانید با برنامه نویسی با پایتون از راه ETE2: a Python Environment for phylogenetic Tree Exploration به این پایگاه داده دسترسی داشته باشید.

میزان بیان ژن در بافت‌های گوناگون

امروز یک پایگاه داده پیدا کردم که برای یافتن بیان هر ژن در بافت‌های گوناگون انسان و نیز در سلول‌های سالم و بیمار به کار می‌رود. این سایت یکی از ساده‌ترین رابطهای کاربری دارد: http://genome.kobic.re.kr/GENT/search/search.php

وبلاگ‌های پژوهشی

در این سایت، بلاگ‌هایی علمی پژوهشی به قلم نویسندگان گوناگون در حوزه‌های گوناگون علم پخش می شود.
http://researchblogging.org/