یافته‌های دوره‌ی دکترا

گردآوری نکته‌هایی در زمینه‌ی زیست‌شناسی (تکاملی)

نرم‌افزاری برای تبدیل فرمت‌های داده‌های ژنتیکی

در ژنتیک جمعیت، فرمت‌های گوناگونی برای ذخیره‌ی داده ها به کار می‌رود که گاهی تبدیل یک فرمت به دیگری چندان سرراست نیست. امروز به این برنامه (PGDSpider) برخوردم که کمابیش 30 فرمت گوناگون را به هم تبدیل میکند و روی همه‌ی سیستم عامل‌ها هم اجرا میشود. فرمتهایی که این برنامه می‌تواند تبدیل کند را میتوان در ویکی آن دید.

برنامه‌هایی برای هم‌‍تراز کردن (alignment) توالی دی‌ان‌ای یا پروتین

در بخشی از کار خود نیاز داشتم که ژن‌های انسان و موش را هم‌تراز کنم. نخست به سراغ برنامه‌های پرآوازه‌ای چون clustlw و muscle رفتم (برنامه‌ی muscle نتیجه‌ی بسیار بهتری می‌دهد). ولی این برنامه‌ها حافظه‌ی کامپیوتر را پر می‎کنند و توانایی همتراز کردن توالی‌هایی بلندتر از 100kb ندارند. از این رو به دنبال برنامه‌هایی گشتم که برای همتراز کردن ژنونم‌ها به کار می‌روند. ویکیپدیای انگلیسی لیست گسترده‌ای از همه‌ی این برنامه‌های همترازکننده دارد.

http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_sequence_alignment_software

پیشنهاد‌هایی برای کسانی که در پژوهش خود نیاز به کدنویسی دارند

بیشتر زیست‌شناسانی که کدنویسی میکنند خودشان برنامه‌نویسی را آموخته اند و آموزش اصولی ندیده‌اند. در کدنویسی، برخی نکته‌ها هست که به خوانا شدن و بازبکارگیری کد کمک می‌کند – و برای بسیاری نیز این نکته‌ها آشنا هستند – ولی در این مقاله که به رایگان نیز در دسترس است، فهرستی کامل‌تر و نکته‌هایی غیرمنتظره‌تر را می‌توان پیدا کرد.

بهتر است پیش از ادامه‌ی کدنویسی، چند دقیقه را به خواندن این مقاله بگذرانید.

لینک فایل پی‌دی‌اف مقاله.

چگونه در رشته پژوهشی خود به روز بمانیم؟

آگاه بودن از نتیجه ی پژوهش های جدید، شرطی بنیادی برای بافتن بهترین و موثرترین ایده های پژوهشی است. با حجم گسترده ای از داده ها که هر روز چاپ میشوند، به روز ماندن دشوار شده است. ولی هنوز راههایی هست تا خود را به آسانی با چکیده ی آنچه که هر روز به چاپ میرسد و ایده های نو همگام کنیم.

یکی از بهترین روش ها برای این منظور، بهره بردن از خبرخوان ها است، چرا که دیگر نیازی نیست تا یک به یک به همه ی سایت و وبلاگ ها سر بزنیم و لیستی از آنها را نگه داریم تا ببینیم کدامیک نوشته ای نو گذاشته اند. من خود از خبرخوان گوگل استفاده میکنم، چرا که هم میتوان از آن بر روی مرورگر اینترنت بهره برد و هم ابزارهای گوناگونی هست که میتوانند از کامپیوتر یا موبایل به خبرخوان گوگل وصل شوند.

منابعی که من خود استفاده میکنم، لیست مقاله های جدید مجله های علمی است – که خود آنها این لیست ها را به شکل خبرخوان آماده کرده اند- و نیز وبلاگ های علمی گوناگون. لیست زیر بخشی منابع من در زمینه ی زیست شناسی / زیست شناسی تکاملی است.

  ادامهٔ این نوشته را بخوانید

کنفرانس سالانه ی انستیتوی انفورماتیک سوییس (SIB)–معرفی پایگاه های داده

در 28 و 29 ژانویه 2013، گردهمایی سالانه ی اعضای انجمن بیوانفورماتیک سوییس برگزار شد. امسال پانزدهمین سالگرد پایه گذاری این انستیتو را جشن گرفتند. در این همایش دانشجویان بسیاری پژوهش خود را با پوستر نمایش دادند. در این میان، چیزی که برای من جالب بود و شاید به کار شما هم بیاید، پایگاه های داده ای بودند که هر گروهی به عنوان کار پژوهشی خود معرفی میکرد. این پایگاه ها شاید به درد کارهای پژوهشی یا ساخته شدن ایده های پژوهشی بیایند:

ادامهٔ این نوشته را بخوانید

فرزندان مادرانی که خود احساس ایمنی می کنند خدا را نزدیکتر می یابند

احساس نزدیکی خدا در بچه ها، نه به مذهبی بودن مادرانشان، بلکه به احساس ایمنی که خود مادران میکنند بستگی دارد. یعنی مادرانی که آرام و با اطمینان هستند فرزندانی دارند که خدا را نزدیکتر حس میکنند و این درباره ی مادران مذهبی و غیرمذهبی یکسان است.

این پژوهش برپایه ی نظریه های روانشناس انگلیسی در سده ی پیش است که بیان میداشت نوع ارتباط مادران بر شیوه ارتباط فرزندانشان با دیگران و حتی آنچه که جسمانی نیست نیز اثر میگذارد. نکته جالب در این پژوهش این است که مذهبی بودن مادران تاثیری در احساس نزدیک بودن خدا در کودکان ندارد.

http://bps-research-digest.blogspot.ch/2013/01/the-children-of-securely-attached.html?utm_source=feedburner&utm_medium=feed&utm_campaign=Feed:+BpsResearchDigest+(BPS+Research+Digest)

مجموعه ای از برنامه هایی برای تحلیل های ژنتیکی

گردآوری این مجموعه را دکتر لی از دانشگاه کلمبیا (1995-1996) آغاز کرد که سپس به دانشگاه راکفلر (تا سال 2002) رفت و سرانجام نیز به دانشگاه ایالتی آیوا جابجا شد. تا سال 2005 331 برنامه در این مجموعه گردآوری شده است. به این پایگاه داده بروید
هم اکنون برنامه های کامپیوتری در موضوع های زیر در این پایگاه وجود دارد:
پیوستگی ژنتیکی، تحلیل جایگاه صفتهای کمی، ساخت هاپلوتایپ، کشیدن تبارنامه و ژنتیک جمعیت.

Technorati Tags:

بحران میانه‌ی زندگی در دیگه میمون‌ها هم دیده می‌شود

به تازگی اقتصاددانان و دانشمندان رفتار طرح رفاه انسان را در سراسر عمرش، در چندده کشور و با مقیاسهای گوناگون از جمله شادی و سلامت روانی، بررسی کرده اند رفاه در جوانی بالا، در میان‌سالی پایین و در پیری دوباره بالا است. دلیل این طرح هنوز نا مشخص است ولی برخی نظریه ها به فشار اقتصادی و اجتماعی اشاره می‌کنند

در پژوهشی که به تازگی چاپ شده، همین طرح از رفاه را در ۵۰۸ میمون دیگه (دو گروه شمپانزه و یک گروه اورانگوتان) دیده اند. این پژوهش نشان می‌دهد که طرحی که از رفاه انسان در درازای عمرش دیده می‌شود، تنها مربوط به انسان نیست و شاید ریشه‌های آن را باید در زیست شناسی نیز جستجو کرد.
Weiss, a., King, J. E., Inoue-Murayama, M., Matsuzawa, T., & Oswald, a. J. (2012). Evidence for a midlife crisis in great apes consistent with the U-shape in human well-being. Proceedings of the National Academy of Sciences, 1–4. doi:10.1073/pnas.1212592109

چگونه نرمش‌ناپذیری (Robustness) فنوتیپی ارث‌پذیری صفتها را محدود می‌کند؟

در این مقاله نویسنده دلایل گوناگونی را بیان می‌دارد که به توضیح این می‌پردازند که چرا در مطالعه‌های ارتباط میان ژنوتیپ-فنوتیپ (GWAS) میزان ارثی بودن یک صفت همیشه میزانی اندک است. در واقع در این مقاله یکی از جاهایی که این میزان گم شده‌ی ارثی بودن را باید یافت نشان می‌دهد.

پایه‌های مقاله نویسی – زبان انگلیسی-

 روشن و گیرا نوشتن یک مقاله می‌تواند به اندازه‌ی خود کار علمی انجام شده در پذیرش مقاله و خوانده شدنش اثرگذار باشد. همان اندازه که خوب مقاله نوشتن می‌تواند اهمیت دارد، یادگیری آن نیز می‌تواند در دسترس باشد. از آنجا که زبان علمی بسیار استاندارد و ساده است، پیروی از یک رشته از اصول دست کم به شیوایی مقاله کمک شایانی می‌کند. این موضوع به ویژه برای کسانی که زبان نخستشان انگلیسی  نیست پرارزش است. در این نوشتار- و بخش‌هایی که در پی خواهد آمد-، این پایه‌های کلی مقاله نویسی، ترتیب آنچه باید در هر بخش از مقاله گفته شود، و نکته‌هایی در کاربرد زبان را بازگو خواهم کرد. با پیروی گام به گام از طرحی که در اینجا می آید، می‌توان فرآیند نوشتن مقاله را ساده تر کرد.