یافته‌های دوره‌ی دکترا

گردآوری نکته‌هایی در زمینه‌ی زیست‌شناسی (تکاملی)

ابزاری برای پیش‌بینی کارکرد ژن‌ها

GeneMANIA ابزاری آنلاین است که می‌توان به وسیله‌ی آن چند ژن دلخواه را به برنامه داد و همه‌ی ژن‌های مرتبط با آنها را از نظر مسیر عمل، جایگاه‌های پروتئینی مشترک، هم‌بیانی، یا ارتباط ژنتیکی پیدا کرد.

Advertisements

لگاریتم گرفتن از داده‌هایی که صفر در آنها است

برای کشیدن نمودارهایی که فاصله‌ی بیشتر داده‌ها کم و برخی از داده‌ها با فاصله‌ی فراوان از دیگر داده‌ها هستند، بهتر است از تبدیل یکی یا هر دو محور نمودار بهره برد. بدین شکل فاصله‌ی داده‌ها همسان‌تر می‌شود. یک روش معمول برای تبدیل محورهای نمودار لگاریتم گرفتن است. مشکل لگاریتم این است که اگر برخی داده‌ها صفر باشند نمی‌توان لگاریتم آنها را گرفت. برای کنار آمدن با این مشکل، بسته به نوع داده راه‌های گوناگونی پیشنهاد شده است. کسی در وبلاگش این راه‌های گوناگون را گرد آورده است که من هم آدرس او را اینجا جای می‌دهم.

http://robjhyndman.com/hyndsight/transformations/

تشخیص نوترکیبی (Recombination) در توالی‌های DNA

امروزه روش‌ها و نرم‌افزارهای فراوانی برای تشخیص نوترکیبی در توالی‌های DNA وجود دارند. وجود پرشمار این برنامه‌ها و پیش‌فرض‌های گوناگونی که هر یک دارند، برگزیدن برنامه‌ی ایده‌ال را با سردرگمی همراه می‌کند.

امروز مقاله‌ای دیدم که جمع‌بندی خوب و کاملی از این برنامه‌ها و پیش‌فرض‌های هر یک ارایه می‌دهد.

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1755-0998.2011.03026.x/full

یک شکل از درون این مقاله را در اینجا می‌بینید:

یافتن همه‌ی مقاله‌های مربوط به یک بخش از ژنوم انسان

من به تازگی نیاز داشتم که همه‌ی مقاله‌هایی که درباره‌ی چند ژن ویژه بود را بخوانم و بررسی کنم. تنها جستجوی همه‌ی مقاله‌هایی که درباره‌ی یک ژن کامل یا بخشی از آن یا یک SNP روی آن باشد بسیار دشوار است. زیرا به روش‌های گوناگونی می‌توان به بخشی از DNA اشاره کرد. مانند نام بردن خود ژن (برای نمونه TP53)  یا باند سیتوژنیک (مانند 17p13.1) یا آیدی‌های دیگر دیتابیس‌ها مانند ENST00000269305 یا آیدی SNP در آن منطقه مانند rs2909430.

UCSC Genome Browser یک ترک دارد که همه‌ی مقاله‌های مربوط به یک بخش یا همه‌ی ژنوم را نشان می‌دهد.  برای انجام این کار بسنده است که به بخش Genome Browser رفته سپس نام ژن مورد نظر خود را بنویسید و جستجو را بزنید. در برگه‌ی نتیجه‌ها، به بخش Phenotype and Literature بروید و ترک Publications را از منوی باز شونده روی full بگذارید. اکنون دکمه رفرش را بزنید تا تغییرها انجام شود.

در تصویر زیر نمونه‌ای از مقاله‌هایی که من برای ژن MUC4 پیدا کردم را می‌بینید.

Screenshot (57)

خواندن کتاب‌های زیست‌شناسی به رایگان

اگر درباره‌ی یک موضوع پایه‌ای نیاز به اطلاعات بیشتری دارید، و کتاب‌های مرجع خود را نیز همراه ندارید، می‌توانید به بخش جستجوی کتاب در سایت NCBI بروید و موضوع مورد نظر خود را جستجو کنید. این سایت همه‌ی کتاب‌هایی که آن موضوع را پوشش داده‌اند نشان می‌دهد. سپس می‌توانید بخش دلخواه خود را از هر کتابی که دوست دارید بخوانید.

آدرس سایت: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/

ابزار ارائه پژوهش

مایکروسافت یک افزونه‌ی آزمایشی برای پاورپونت دارد که نمایش محتوا را بسیار دیدنی‌تر و گیراتر می‌کند. با کاربرد این ابزار می‌توانید پاورپوینت‌های غیرخطی درست کنید. برای درک بهتر توانایی آن این ویدپو را ببینید. از اینجا می‌توانید دانلود کنید.

تست انتخاب طبیعی برای هر منطقه از ژنوم انسان

سایتی به تازگی آغاز به کار کرده که به وسیله‌ی آن می‌توان تست‌های انتخاب طبیعی گوناگونی را برای هر منطقه‌ی دلخواه از ژنوم انسان بررسی کرد. این تست‌ها بر پایه‌ی داده‌های پروژه‌ی ۱۰۰۰ ژنوم است و برای جمعیت‌های آفریقایی، آسیایی و اروپایی موجود است.

به این سایت بروید.

پایگاه داده ای جدید برای بیان ژن

IST online سایتی بسیار جدید است که پرشمارترین میزان داده‌ها درباره‌ی بیان هر یک از ژن های انسان در بافت ها و سلول های گوناگون سرطانی و سالم را به رایگان نمایش می‌دهد. افزون بر آنِ‌‌، نمودارهای بسیاری را می‌توان از به وسیله‌ی خود این سایت کشید.

فیلوژنی ژن‌ها–پایگاه داده

PhylomeDB یک پایگاه داده کامل از رابطه‌ی فیلوژنی میان ژن‌ها است. کافیست نام ژن مورد نظر خود را جستجو کنید تا درخت فیلوژنی آن و رابطه اش با دیگر ژن‌ها را پیدا کنید. افزون بر آن، می‌توانید با برنامه نویسی با پایتون از راه ETE2: a Python Environment for phylogenetic Tree Exploration به این پایگاه داده دسترسی داشته باشید.

میزان بیان ژن در بافت‌های گوناگون

امروز یک پایگاه داده پیدا کردم که برای یافتن بیان هر ژن در بافت‌های گوناگون انسان و نیز در سلول‌های سالم و بیمار به کار می‌رود. این سایت یکی از ساده‌ترین رابطهای کاربری دارد: http://genome.kobic.re.kr/GENT/search/search.php